Las instituciones por excelencia de la Baja Edad Media son la catedral y la universidad, que nace en estrecha conexión con la Iglesia, pero con identidad propia.
La vida monástica entra en decadencia sus bibliotecas y sus tesoros bibliográficos empiezan a ser descuidados y olvidados. Sin embargo, los libros seguirán produciéndose, incluso en mayor cantidad, en las escuelas catedralicias, que tenían su escritorio y su biblioteca. Con todo, la principal característica de este período es que el libro se diversifica en sus usos y temáticas y deja de ser patrimonio exclusivo de los centros eclesiásticos.
Con el progresivo abandono por parte de los monasterios de las actividades docentes, fueron cobrando importancia las escuelas catedralicias o capitulares, dependientes del obispo.
En 1073, el papa Gregorio VII ordenaba la renovación de los estudios de artes en todas las escuelas episcopales, al considerar que era éste un elemento fundamental para el éxito de la propia reforma. La medida, continuada por otros Pontífices, fue culminada por Alejandro III en el III Concilio de Letrán, donde se decidió reservar una plaza para el cargo de maestrescuela (scholasticus, cancelarius o primicerius) en todos los cabildos catedralicios.
La importancia de las escuelas episcopales estuvo ligada desde casi el principio a la calidad de sus profesores y al prestigio de la sede titular. Localizada por lo general en el claustro y con una clara finalidad religiosa, la enseñanza de cada una de las escuelas fue adquiriendo con el tiempo, sin embargo, cierta especialización, dictada por la personalidad de los propios maestros.
Las escuelas catedralicias que nacen por esta época muestran un aumento de la población estudiantil de las más importantes bibliotecas: Verona, York, Durham, Oviedo, León o Gerona. La más antigua de las existentes es la Catedral de Verona que ha funcionado ininterrumpidamente desde el siglo V y en ella se conservan 5 códices de esa centuria. En general estas bibliotecas quedaron rezagadas en comparación con las monacales aunque también se beneficiaron del Renacimiento Carolingio.
Las primeras bibliotecas universitarias son bibliotecas de escuela o facultad. Estas responden en muchas ocasiones al siguiente patrón, que procede de las órdenes mendicantes: sala de lectura de planta basilical con bancos (como en las iglesias) y libros encadenados colocados en atriles. Existían además libros que no estaban encadenados y que descansaban normalmente en un baúl. Éstos se prestaban bajo fianza si había más ejemplares de esa obra. El procedimiento de adquisición de los libros consistía básicamente en la donación, a menudo en forma de legados. El cargo de bibliotecario no era relevante, por lo que el responsable solía ser un profesor o un estudiante.
Los libros, que a pesar de todo siguen teniendo un fuerte contenido religioso, son considerados ahora un instrumento de trabajo, un vehículo de conocimiento de uso diario por parte de profesores y alumnos. Surge en este momento el libro de consulta. En la biblioteca de cada facultad había una biblioteca, con bancos y atriles, a los que permanecían encadenados los libros. Estos libros eran grandes, pesados, y su contenido era el compendio de alguna materia (la summa), de la que se consultaba y copiaba alguna parte antes de cada lección. También existían libros de menor formato que el alumno podía tomar prestados bajo fianza.
El aumento de la necesidad de libros por parte de los estudiantes provoca el resurgimiento del comercio del libro. Se congregaron en torno a las universidades los llamados stacionarios, libreros que se comprometían, mediante una actividad comercial regulada y vigilada por la Universidad, a tener existencias de calidad de los libros de enseñanza, y los prestaban a los estudiantes para que los copiaran mediante un determinado pago. Surge entonces el sistema de copia conocido como la pecia: se alquilaban los libros por trozos o piezas (pecias) para que el estudiante o profesor hicieran o encargaran una copia. Estas copias estaban escritas rápidamente, con abreviaturas y un aspecto enrevesado, sin grandes espacios en blanco. Para adquirir los libros el procedimiento consistía básicamente en la donación, a menudo en forma de legados.
En el s. XIII las universidades alcanzan su constitución definitiva. Son una derivación de las escuelas catedralicias, pero ahora tienen entidad propia, al margen de la catedral y de las órdenes religiosas. La Universidad de Bolonia es la más antigua del mundo. También ven la luz en esta época las universidades de La Sorbona, Oxford, Cambridge, Toulouse, Palencia, Salamanca y Valladolid.
